Доктор-Веб (https://vms.drweb.ru/online/) Онлайн-версия популярного антивируса поможет вам найти уязвимости и устранить их.
Virustotal - популярный онлайн инструмент, позволяющий проверить на вирусы не только сайты, но и файлы на вашем компьютере. На главной странице вам как раз и предложат загрузить файл для проверки, а для инспекции сайта нужно будет перейти по ссылке scan a URL.
Скрипт "Айболит" закидывается в корневую папку вашего сайта, а потом запускается из адресной строки браузера. Он проверит наиболее уязвимые файлы на вирусы, шеллы, эксплойты и прочую гадость, после чего вынесет свой вердикт.
Бесплатный онлайн-сканер Dr.Web для проверки подозрительных файлов и ссылок Подозрительный файл или сайт можно проверить на вирусы антивирусом Dr.Web